Parallèlement aux adaptations stylistiques et à l’augmentation de la puissance, la Chrysler PT Cruiser 2006 reçoit également un nouvel intérieur. L’habitacle bénéficie ainsi de nouveaux habillages pour les sièges et de nouveaux tissus. La nouvelle console d’instruments est dotée d’indicateurs plus grands, de nouvelles ouïes d’aération rotatives et d’une horloge analogique.
Autres nouveautés pour la version 2006 : la radio est implantée plus haut dans la console centrale et une poignée de maintien pour le passager a été ajoutée sur le flanc droit de la console d’instruments afin d’améliorer l’accessibilité pour les passagers. La capacité de la boîte à gants a été augmentée. Sur le modèle 2006, une nouvelle console centrale avec accoudoir coulissant et espace de rangement passager intègre un tiroir de rangement fermé pour les petits effets personnels, un profond casier permettant d’accueillir 6 CD, un nouveau range-monnaie et deux porte-gobelets escamotables pour les occupants des sièges arrière.
Afin de réduire les bruits de roulement, la Chrysler PT Cruiser millésime 2006 bénéficie de nouveaux aménagements acoustiques, avec notamment des joints optimisés au niveau des portières, de fenêtres, du plancher arrière ainsi qu’une meilleure insonorisation des panneaux d’habillage. Une meilleure insonorisation du système HVAC de chauffage, de ventilation et de conditionnement d’air, ainsi qu’une isolation optimisée du tableau de bord, permettent de réduire le niveau sonore du moteur.