Les nouveaux sièges offrent à la fois confort et soutien. Pour la première fois dans la gamme Jeep, le Commander est doté de trois rangées de sièges, chacune étant positionnée légèrement plus haut que la précédente. Grâce à cet aménagement exclusif en gradins, la vision vers l’avant est optimale. Les deuxième et troisième rangées de sièges peuvent être rabattues vers l’avant afin de créer une surface de chargement plane. Le Commander est seulement 5 cm plus long que le Jeep Grand Cherokee 2005 même s’il a été conçu pour accueillir trois rangées de sièges. Les deux modèles bénéficiant d’un empattement identique (2781 mm), le Commander se montre aussi maniable et à l’aise en tout-terrain que le Grand Cherokee.
Grâce à son toit surélevé, le Jeep Commander offre aux occupants des deuxième et troisième rangées de sièges un espace au toit généreux. En plus du toit ouvrant disponible à l’avant, le Commander propose aussi le nouveau système innovant de lucarnes de toit (avec stores) au-dessus de la deuxième rangée de sièges.
Offrir des performances exemplaires en tout-terrain et un maximum d’agrément routier étaient des conditions essentielles lors du développement du Jeep Commander. Les concepteurs de Jeep se sont ainsi inspirés de la référence de la catégorie, le Jeep Grand Cherokee 2005, qui bénéficie notamment de suspensions avant indépendantes et d’une direction à crémaillère. Ils ont offert au Commander les mêmes systèmes de transmission intégrale, les mêmes suspensions et les mêmes moteurs. Le moteur V8 5.7 HEMI doté du système MDS (Multi-Displacement System) est disponible sur le Commander. Le système MDS désactive de manière imperceptible la moitié des cylindres du V8 5.7 HEMI à vitesse stabilisée et en cas d’accélération modérée, cela afin de réduire la consommation de 10 à 20% en fonction des conditions d’utilisation. Le moteur HEMI développe une puissance de 330 ch (246 kW) à 5000 tr/min et délivre un couple de 509 Nm à 4000 tr/min. Le V8 4.7 est la motorisation médiane de la gamme Commander. Ce moteur développe une puissance de 235 ch (175 kW) à 4500 tr/min pour un couple de 414 Nm à 3600 tr/min. Le moteur V6 3.7 équipant le Jeep Commander 2006 en motorisation de base est à la fois robuste, souple et sobre. Ce moteur délivre une puissance de 210 ch (157 kW) à 5200 tr/min et un couple de 319 Nm à 4000 tr/min. Ce moteur a été introduit pour la première fois dans la gamme sur le Jeep Liberty et a été optimisé sans cesse pour combiner puissance et rendement.
Le Jeep Commander est le premier modèle de Chrysler Group à bénéficier d’un système de contrôle électronique du roulis. Grâce aux informations collectées par différents capteurs, le système active les airbags dans certains cas lors d’un tonneau ou d’un choc latéral.