Le moteur 1,5 litre turbo diesel common rail est de fabrication Hyundai et la Matrix devient ainsi la première Hyundai à être équipée de cette motorisation. Grâce au turbo à géométrie variable (VGT), ce moteur développe 102 cv et un couple de 235 Nm. Ce moteur est moins polluant (moins d'émission de CO2) et plus silencieux que le moteur à trois cylindres.
On reconnaîtra la Matrix 1.5 CRDi 16v VGT à son avant spécifique, doté d'une grille de radiateur noire qui se prolonge jusqu'aux blocs de phares, et aux grands phares antibrouillards ronds intégrés dans le pare-chocs (carrés sur les autres versions). Les autres motorisations n'ont pas été modifiées, ni sur le plan esthétique ni sur le plan technique. Toutes les versions seront néanmoins équipées à l'arrière d'une ceinture à trois points d'ancrage pour la place du milieu, et le design des appuie-têtes a été redessiné. En fonction du niveau d'équipement, le coût supplémentaire du CRDi VGT varie de 400 à 450 €.
